Kantor Sekretariat Daerah Kab. Sumenep terletak di Jl. DR. Cipto No.33, Gudang, Kolor, Kec. Kota Sumenep, Kabupaten Sumenep, Jawa Timur 69417. Berdasarkan Peraturan Bupati Kabupaten Sumenep Nomor 67 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas Pokok dan Fungsi serta Tata Kerja Sekretariat Daerah Kabupaten Sumenep, Sekretariat Daerah dipimpin oleh Sekretaris Daerah yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati. Susunan Organisasi Sekretariat Daerah sebagai berikut:

a. Sekretaris Daerah;

b. Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat, membawahi

1. Bagian Tata Pemerintahan 
2. Bagian Kesejahteraan Rakyat
3. Bagian Hukum

c. Asisten Perekonomian dan Pembangunan, membawahi:

1. Bagian Perekonomian
2. Bagian Administrasi Pembangunan
3. Bagian Pengadaan Barang/Jasa

d. Asisten Administrasi Umum

1. Bagian Umum
2. Bagian Organisasi
3. Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan
4. Bagian Perencanaan dan Keuangan